L'any 1896 l'alcalde de Manresa inaugurà el “Museo arqueológico, biblioteca pública y exposición artístico industrial permanente”, origen de l'actual Museu, en unes sales de l'edifici de l'Ajuntament. Aquest fet cloïa un seguit d'iniciatives dutes a terme per un grup d'estudiosos locals de diversos àmbits i que ja el 1882 havia organitzat una exposició “artístico-arqueologia” en aquestes sales.
Un aspecte del museu, ubicat a l’edifici de l’Ajuntament de Manresa, a principis del s. XX.
En els seus primers anys el museu va anar creixent a redós de les obres públiques i l'urbanisme d'eixample de la ciutat. Algunes adquisicions per part de l'Ajuntament i donacions de particulars són les formes d'ingrés de nous objectes al museu.
La Guerra Civil de 1936-1939 va suposar un trasbals important en l'àmbit del Patrimoni artístic. Manresa va ser un dipòsit per a protecció de béns mobles establert per la Generalitat en l'edifici de La Cova i custodiat per les forces d'ordre. L'acció encomiable i arriscada d'algunes persones va permetre el salvament i la protecció de diversos béns artístics en aquells temps de destrucció.
El 1941 tornà a obrir les portes el Museu Municipal ocupant des d'aleshores aquesta nova ubicació en l'Antic Col·legi de Sant Ignasi. El Museu i les seves col·leccions havien sofert canvis importants resultants del trasbals de la guerra. Així les col·leccions que havien fet els Centres Excursionistes - el de la Comarca de Bages, fundat el 1905 i el Montserrat, fundat el 1923- quedaren incorporades al museu. En aquest fons també s'hi conserven altres objectes artístics, procedents del salvament de patrimoni durant la guerra, la major part dels quals pertanyien a esglésies de la ciutat enderrocades durant els anys de conflicte.
El Museu Comarcal de Manresa, s'inaugura amb aquest nom i una renovada presentació de les seves col·leccions l'any 1977, després d'haver estat uns anys tancat. És un museu d'abast territorial comarcal per les seves col·leccions i pels serveis que ofereix. De temàtica pluridisciplinar, les col·leccions que s'hi exposen se centren en l'art i la història de Manresa, el Bages i Catalunya.
Una sala del museu tal com es presentava ja a l’antic Col·legi de Sant Ignasi pels volts de 1950.
Des de la seva inauguració a finals del s. XIX, l'Ajuntament de Manresa ha estat la institució titular d'aquest equipament i la seva gestió.
Des de 1940 el Museu està ubicat a l'antic Col·legi de Sant Ignasi. Ocupa un lloc molt proper a la Cova de Sant Ignasi, un edifici d'estil barroc, i de l'església gòtica de Santa Maria (La Seu). Per aquest indret transcorria antigament el camí que venint des de Barcelona entrava a Manresa pel portal de Sant Llúcia.
El va construir l'orde jesuïta a mitjan del s. XVIII, al costat de l'hospital medieval de Santa Llúcia, en un lloc on des de principis del segle XVII havien començat a instal·lar-s'hi alguns membre d'aquest orde religiós que volien estar a prop d'indrets molt significats en la vida d'Ignasi de Loiola, que va viure a Manresa prop d'un any entre 1522 i 1523. Destinat a l'ensenyament en règim d'internat va ser regit pels jesuïtes de manera discontínua fins el 1892 en què es traslladen definitivament al nou col·legi de Sant Ignasi de Sarrià. Des de 1835 la titularitat havia passat a mans municipals.
Arquitectònicament és un gran edifici de planta quadrangular bastit a l'entorn d'un ampli claustre central d'estil neoclàssic.
En aquest edifici actualment hi tenen també la seva seu l'Arxiu Històric Comarcal i l'Oficina de Turisme de Manresa.
